公元前222年，强大的秦国在统一六国的进程中，最终攻灭了长江流域的重要诸侯国楚国，将其纳入秦帝国的版图。这一历史性事件标志着楚国八百余年历史的终结，也为后来南京地区的发展埋下了伏笔。
十二年后，即公元前210年，完成统一大业的秦始皇嬴政在第五次东巡途中亲临南京地区。这位雄才大略的帝王下令废弃了原有的金陵邑，在此设立秣陵县，其治所位于现今南京市江宁区秣陵街道一带，当时隶属于鄣郡管辖。这一行政调整不仅改变了当地的政治格局，更在历史上留下了深远影响。
秦朝统治仅持续了短短时间，公元前206年，刘邦建立的汉朝取代了秦朝。汉高祖刘邦将丹阳、会稽、豫章三郡分封给侄儿吴王刘濞作为封地，其中秣陵县被划归丹阳郡管辖。这一分封政策既体现了汉初的郡国并行制度，也为后来的政治动荡埋下了隐患。
果然，在公元前154年，以吴王刘濞为首的七国诸侯发动了著名的七国之乱，意图对抗中央政权。这场叛乱最终以刘濞战败身亡告终。汉景帝为了巩固统治，将原吴国领地改封给自己的儿子刘非，封其为江都王，定都广陵（今扬州）。在这一行政调整中，秣陵县被划归江都王国管辖。
到了公元前128年，汉武帝为削弱诸侯势力，推行推恩令政策，将诸侯国土地进一步细分。在这一政策下，秣陵县被改为秣陵侯国，刘非的儿子刘缠受封为秣陵侯。然而好景不长，公元前114年刘缠去世后因无子嗣继承，秣陵侯国被废除，重新降格为县。
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从秦朝到汉末的四百余年间，南京地区一直沿用秣陵这一名称。直到公元212年，东吴政权建立者孙权将秣陵改名为建业，取建立帝王大业之意，这一改名标志着南京开始向都城地位迈进。
关于秦始皇为何将金陵改为秣陵，历来有两种说法。传统说法认为，公元前210年秦始皇东巡时，随行术士观察到金陵山势险峻，认为此地有天子之气。为消除潜在威胁，秦始皇下令破坏当地山脉以泄王气，并将地名改为秣陵。秣意为草料，暗示此地只配作为养马场。而现代学者提出新见解，认为秦人祖先以养马起家，秣陵一名反而体现了秦始皇对此地的重视。
关于秦汉时期秣陵县治的具体位置，学界存在争议。传统观点依据唐代许嵩《建康实录》的记载，认为其位于今南京市江宁区秣陵街道。但南京师范大学王志高教授2014年提出新说，认为秦汉秣陵县治应在楚国金陵邑旧址（今清凉门一带），汉代才迁至南京城西。这一学术争议有待未来考古发现来最终解答。
在文学创作中，秣陵作为南京的雅称频繁出现。宋代王安石的《秣陵道中》、清代屈大均的《秣陵》都是代表作。而最负盛名的当属李清照的《临江仙》，其中春归秣陵树，人老建康城的名句，将秣陵与建康这两个南京古称巧妙对应，抒发了深沉的历史沧桑之感。全词通过庭院深深、云窗雾阁等意象，勾勒出一幅充满诗意的金陵画卷，成为千古传诵的佳作。
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